Původní stavba je z let 1656-1679 stavitele Dominika Orsiho, později za spolupráce Carla Luraga. Po požáru v roce 1689 byla do roku 1717 prováděna úprava při níž byl vnitřek kostela doplněn o barokní prvky. Kolem roku 1730 vznikla trojice portálů do náměstí, která svědčí o účasti K. I. Dienzenhofera. Bohatá sochařská výzdoba je od sochařů J. Hanny a M. V. Jaeckela. Vnitřek má bohatou malířskou výzdobu, včetně iluzivní malby oltáře a malby v kupoli. Kostel byl opravován po požáru v roce 1758. Po zrušení jezuitského řádu v roce 1773 kostel dvakrát vyhořel. Krypta pod kostelem byla založena v roce 1656, postupně rozšiřována a stala se místem pobřbívání členů jezuitského řádu, šlechtických rodin i významných měšťanů.